不可避免地，自动化仓储系统也有其劣势或限制因素，包括：投资成本高：相对传统仓储系统，这是最明显的劣势。自动化仓储货架系统由先进的硬件及软件系统组成，因此具有较高的购买成本。同时，在采购资源的投入、售后服务如备件更换等方面的成本也较高。建设周期长：包括使用前对仓储现状的评估分析、采购的订货周期、系统安装调试周期等方面，需要花费较长的时间。对货物存储特性要求高，缺乏弹性：自动化仓库货架的设计建造，需要考虑其存储货物的种类、存储环境、吞叶量等物流特征。而一旦投入使用，存储特性基本固定，若某一因素发生变化，其适应和弯化弹性相对较小。对仓库货架管理和技术人员要求高：自动化仓储货架系统技术含量较高，对作业人员素质要求也相应较高，操作人员需经过专门的培训才能上岗。需多个系统相结合才能发挥最大经济效益：如存储系统与搬运系统的结合、硬件与软件系统的结合，由于技术要求限制，同等技术水平的系统结合才能发挥最大效益，一定程度上增加了投资成本。

     对于物流中心的运行，决定采用一种最现代化的集成系统，要求系统能够实现动态、无纸化、高性能的拣选工作。该系统提了最大的存储空间，并实现了在最小空间范围内的快速存取。内部物流系统里还涉及到货架钢结构，输送系统，堆垛机和可视化软件等。这些因素综合起来提高了仓库货架容量，有效地减少了高劳动强度的补货过程，目前已经开始大大节省仓库货架物流与配货的成本。